Margot Neuner wurde 1978 erstmals in den Stadtrat gewählt und war in der Folge Mitglied in zahlreichen Ausschüssen des Stadtrates und Gremien von Tochtergesellschaften. Ihr besonderes Interesse lag dabei stets in den Bereichen Soziales und Kultur. Darüberhinaus war auch die Evangelische Wohltätigkeitsstiftung ein Herzensanliegen der, im katholischen Bamberg aufgewachsenen, evangelischen Regensburgerin.
Großes Anliegen war Margot Neuner immer die Chancengleichheit von Frauen. So hatte sie großen Anteil an der Einrichtung der städtischen Gleichstellungsstelle.
Für ihr ehrenamtliches Engagement wurde sie vom Bayerischen Innenminister mit der kommunalen Verdienstmedaille in Silber und Bronze sowie vom Stadtrat mit der Silbernen Bürgermedaille ausgezeichnet.